众所周知，知网查重一次的价格是几百块钱甚至上千块。如果一篇论文被知网收录，即便是著作人本人下载也需要付费，还不能参与其中的费用分成。这一点颇为外界所诟病。知网对高校涨价，可以看作是纯粹的商业行为，但是知网用别人的论文去牟利，而原著作人不但不能分一杯羹，连下载自己的论文也需要付费，这就涉及到了版权纠纷。“我为什么要花钱去下载我自己的文章？”
2017年底，中国文字著作权协会起诉《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司和同方知网（北京）技术有限公司的首例维权案一审胜诉。此前，文著协发现知网通过电子化复制，将其他期刊刊载的汪曾祺作品《受戒》，通过知网等向公众提供付费下载，并获取非法收益，侵犯了作品著作权人的信息网络传播权。
2018年上半年收入超过5亿元，预计全年收入过10亿元，毛利率超过61%。
最终，知网承担了2000元的连带赔偿责任，以及文著协的合理开支10000元。然而，并不是所有被侵权的著作权人都能通过上诉拿到这笔赔偿，因为知网与期刊出版社、著作权人之间的利益关系，本身就是一笔糊涂账。
大部分杂志社在征稿时，会在杂志上不起眼的位置做一个声明。要求著作人在投稿时默认将作品的信息网络传播使用权一并转给期刊，只有少数期刊和出版单位才会与著作人签署一对一的信息网络传播使用权授权協议。而期刊和出版社从知网处获利后，很少会将知网支付的稿酬付给著作人。知网则只会以知网卡和少量现金作为报酬，比如一篇10万字的博士论文也就值400元的知网阅读卡和100元现金……
知网就是一个知识版权运营商，身为上游的那些著作人相当于免费为知网提供资源。而知网则以相当暴利的商业模式将这些论文资源输送给各大高校、研究机构等下游需求方。拿着别人的成果，赚取金钱，这是一项稳赚不赔的生意。
但是，知网是否知晓，它正在逐渐背离自己的创建初衷？金钱不应该成为隔绝学术信息的壁垒，对于类似知网这样的机构，应当寻求公益性与商业性的最大平衡。
